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为促进“教授治学”工作,完善学术评价机制,积极扶持巩固基础优势学科的建设和发展,南京农业大学根据学科相近的原则,组建五大学部。五大学部在校学术委员会指导下开展学术评价与咨询活动,建立了较好的学科发展环境。特色学科、基础学科与应用学科的结合,涉农学科、近农学科和非农学科间的优化组合,不同课程体系的相互渗透,使学校的学科建设具有了新的内涵,促使学校成为我国培养农业方面高水平、高层次人才和承担国家重大科研任务的重要基地。