前沿丨植保学院窦道龙团队构建第一个植物RLK数据库
2024年2月20日,MolecularPlant在线发表了南京农业大学窦道龙团队题为“RLKdb:Acomprehensivelycurateddatabaseofplantreceptor-likekinasefamilies”的论文。该团队此前开发了基于拓扑结构鉴定各界生物膜受体激酶的注释流程(Yinetal.,2023),该研究进一步开发了标准化的植物RLK生物信息学分析流程,利用该流程在300个具有染色体组装水平的植物基因组上鉴定了~220,000个RLKs,并构建了基于WEB的植物RLK数据库平台(https://biotec.njau.edu.cn/rlkdb)。该数据库为植物RLK提供了全面注释信息,包括家族分类、遗传图谱、基因模型、蛋白功能结构域、转录因子结合位点、PCR引物设计、3D结构、互作蛋白、以及物种分布等。此外,数据库还提供了在线鉴定和其他个性化分析工具。总之,该数据库为植物RLK功能研究和全景式进化分析研究提供了一站式数据支持。植物类受体激酶(RLKs)是一类重要的植物膜蛋白,包含有胞外结构域、跨膜结构域和胞内激酶结构域。自从第一个RLK基因ZmPK1从玉