前沿丨人工智能学院计智伟课题组提出单细胞RNA-seq聚类新方法
2023年10月3日,生物学领域重要期刊LifeScienceAlliance在线发表了南京农业大学人工智能学院计智伟教授课题组的题为“scFseCluster:AFeatureSelectionEnhancedClusteringforSingleCellRNA-seqData”的研究论文。针对同类算法普遍存在的泛化性能差或计算开销大等局限,他们开发了一种特征选择优化的单细胞聚类分析计算框架scFseCluster。scFseCluster用于单细胞RNA-seq聚类分析主要包括两大步骤:首先,利用一种新开发的元启发式算法FSQSSA(基于量子松鼠搜索算法的特征选择)提取最优基因集;其次,基于最优基因集实现细胞聚类。研究人员选取了Goolam、Xin、Montoro、Hrvatin等8个基准数据集(细胞数目从100到50000不等),对算法进行了全面测试。实验结果表明,scFseCluster在所有数据集上均表现卓越,预测性能明显优于其他七种主流算法,包括Seurat(NatBiotech,2015)、CIDR(GenomeBiol,2017)、SINCERA(PlosComputB